独联体反恐中心的任务之一是在最受需要的专业活动领域协助组织培训独联体成员国主管机构反恐部门的专家和教官。
为此反恐中心利用独联体成员国主管机构以及民间教育组织的资源。
培训场所的名单是根据对独联体国家的恐怖主义威胁的分析和对其进一步发展的预测而制定的。
在独联体反恐中心的领导下，俄罗斯联邦安全局特殊目标中心的教官们为独联体国家特殊部门的人员提供培训。
除了战斗训练（特种战术，火力，特殊工程，狙击，潜水和空降，近战等）外，特种部队人员还接受谈判，解救人质，消灭恐怖分子，反恐和反间谍破坏关键设施的课程。
中心还定期开展关于在打击恐怖主义斗争中使用罪犯特征分析的培训，举办关于打击资助恐怖主义活动的课程。此外，还有关于搜索、探测和处理简易爆炸装置的培训，以及爆炸现场检查和法医爆炸技术鉴定的培训。
中心还特别关注以下方面的培训课程:保护关键基础设施不受无人驾驶飞行器的侵害,信息安全,培训声像和语言专门知识领域的专家,摄影图像和录像材料的研究,以及移动拆弹技术操作员的培训。
在2001年至2022年和2023年上半年期间，独联体成员国安全和情报机关的1615名雇员接受了在独联体反恐中心参与下制定和实施的技能提高项目的培训。
以实践课的形式为反恐部门负责人提供关于国家间和部门间互动的法律和应用方面的额外专业培训。
为了提高反恐合作的效率，中心总结了打击恐怖主义和极端主义的先进国际经验，在此基础上编写了方法手册并将其发送给独联体成员国使用。
