独联体成员国反恐中心（ATC CIS）是根据独联体国家元首理事会2000年6月21日的决定成立的。
反恐中心是独联体的一个常设的专门分支机构，旨在协调和促进独联体成员国安全和特殊机构在反恐和反极端主义领域的合作。
独联体的9个成员国参加了反恐中心的工作：阿塞拜疆共和国、亚美尼亚共和国、白俄罗斯共和国、哈萨克斯坦共和国、吉尔吉斯共和国、摩尔多瓦共和国、俄罗斯联邦、塔吉克斯坦共和国和乌兹别克斯坦共和国。
该中心的法律地位，主要任务和职能由《独联体成员国反恐怖主义中心条例》确定，该条例由独联体国家元首理事会2000年12月1日的决定批准。
独联体国家反恐合作的当前方向和独联体反恐中心的活动是由《独联体成员国打击恐怖主义和极端主义合作计划》确定的，该计划由独联体国家元首理事会通过，为期三年。
目前，该计划有效期为2023-2025年。
独联体反恐中心活动的总体管理由独联体国家安全和情报机关领导人理事会。
独联体成员国反恐中心的负责人由成员国元首理事会的决定任命（免职），任期三年。 自2022年1月1日起，根据独联体国家元首理事会2021年10月15日的决定，独联体反恐中心由谢索耶夫·叶普盖尼·谢尔盖维奇（Evgeny Sergeevich SYSOEV) 上将领导。
独联体反恐中心的总部设在莫斯科（俄罗斯联邦）。
