建立有效的反恐合作系统，需要所有反恐和反极端主义对抗主体的努力：主管国家机构、独联体的法定和行业机构、有关国际和区域组织、民间社会机构。
意识到这一活动领域的重要性,独联体反恐中心正在努力建立和发展合作关系。
独联体反恐中心在各国主管当局中的伙伴是:
阿塞拜疆共和国国家安全局; 亚美尼亚共和国国家安全局;
白俄罗斯共和国国家安全委员会; 哈萨克斯坦共和国国家安全委员会;
吉尔吉斯共和国国家安全国家委员会; 摩尔多瓦共和国信息和安全局;
俄罗斯联邦联邦安全局;
塔吉克斯坦共和国国家安全国家委员会;
土库曼斯坦国家安全部;
乌兹别克斯坦共和国国家安全局;
该中心在国际组织中的主要伙伴是联合国、欧洲安全与合作组织、欧洲理事会反恐委员会、国际刑事组织、集体安全条约组织、上海合作组织区域反恐机构、欧亚打击洗钱和资助恐怖主义组织等。
与它们的互动建立在合作协议、协定、备忘录和议定书的框架内建立的,在一些组织中,中心以观察员的身份参与(国际刑警组织、欧洲理事会反恐委员会、欧亚打击洗钱和资助恐怖主义组织)。
独联体反恐中心积极与联合国反恐怖主义机构互动：反恐局（CTO UN）、联合国安理会反恐委员会执行理事会（CTC UN）、第1267（1999）、1989（2011）和2253（2015）号决议所设联合国安全理事会委员会分析支持和制裁监测组，以及第1988（2011）号决议所设联合国安全理事会委员会，对国际恐怖组织ISIS、基地组织和塔利班实施制裁进行监控。 独联体反恐中心与联合国反恐机构合作的优先领域是与联合国中亚预防性外交区域中心（UNRCCA）合作，该中心每年举行会议，协调在中亚国家工作的专业国际组织的努力。
在2016中，独联体反恐中心成为联合国安理会反恐委员会全球研究网络的成员，在2021年，它是联合国反恐办公室创建的保护易受攻击对象免受恐怖主义威胁全球专家网的成员，作为全球保护易受攻击目标计划的一部分。
反恐中心受邀为联合国安理会各制裁委员会就ISIS、基地组织和塔利班举行专题简报会。独联体反恐中心工作人员被招募为联合国反恐委员会执行理事会的区域专家，以监测和确保执行联合国安全理事会的反恐决议。
在为联合国安理会编写反恐委员会的终审报告时，会考虑中心的信息。 中心与欧安组织的互动是通过跨国威胁部反恐司和参与欧安组织在中亚秘书处机构的活动进行的。
中心定期编写并向欧安组织反恐网络公报发送信息。 2009年，独联体反恐中心获得欧洲委员会反恐专家委员会（CODEXTER，现为CDCT）观察员身份。 中心参加委员会及其工作组的会议。 反恐中心与欧亚打击洗钱和资助恐怖主义小组的合作正在加强。中心的员工参加了小组的全体会议，有关实施反洗钱金融行动特别工作组要求以发现恐怖分子虚拟资产的经验交流研讨会以及工作小组会议，旨在进行风险评估研究并为欧亚地区国家提供反恐融资的建议。 独联体反恐中心与国际刑警组织的互动建立在合作和信息交流领域的谅解备忘录基础上。
中心以观察员身份参加国际刑警组织的欧洲区域会议和大会，以及旨在交换有关恐怖组织和与之有联系的个人的信息的“卡尔坎”项目。 自2008年以来，国际刑警组织的一个用户点一直在独联体反恐中心运作，通过连接到I-24/7全球警察通信系统，在线访问其数据库。
在地区层面上，中心的主要合作伙伴是上海合作组织地区反恐怖机构和集体安全条约组织。
与它们开展双边合作的基础是分别于2006年（2023年新版）和2013年签署的协议，以及2018年5月28日独联体反恐中心、集体安全条约组织秘书处和上海合作组织地区反恐怖机构之间的合作与互动备忘录。在此框架内，常设专家组定期举行会议。 这项工作的一个重要成果是，2022年2月16日签署了上海合作组织地区反恐怖机构、独联体反恐中心和集体安全条约组织秘书处关于打击恐怖主义和极端主义的协调立场。 在双边合作框架内，中心参加了集体安全条约组织外交部长理事会阿富汗问题工作组--上海合作组织反恐怖机构年会。
建立有效的反恐合作机制离不开利用独联体机构及其发挥工作结构的潜力。 多年来，反恐中心的可靠合作伙伴有独联体的以下机构：
执行委员会; 跨国议会大会;
边防部队指挥官理事会及其协调处;
国防部长理事会;
内务部长理事会和协调打击独联体成员国境内有组织犯罪和其他危险类型犯罪局;
总检察长协调委员会;
金融情报单位负责人理事会;
监狱服务处处长理事会;
移民机构负责人理事会;
海关机构负责人理事会及其执法单位负责人理事会;
运输协调会议;
税务（财务）调查机构负责人协调委员会。
通过全面解决设定的任务，独联体反恐中心加强与民间社会机构的合作，发展与莫斯科国立语言大学，罗蒙诺索夫莫斯科国立大学，俄罗斯科学院国家和法律研究所，军事科学院，俄罗斯国立石油和天然气大学等的合作。
这种互动的主要形式是关于反恐问题的国际科学实践研讨会，使主管机构和非政府教育和公共机构的代表都能参与其中。
此外，该中心每年与莫斯科国立语言大学合办针对反对恐怖主义意识形态的学生倡议的竞赛。
