在20世纪90年代末期在后苏联时期发展起来的局势，与恐怖主义和极端主义活动显著增加，以及年轻主权国家国家安全风险的增加密切相关，这迫使人们重新审视国际关系体系。显然，恐怖主义和极端主义犯罪具有有组织跨国活动的特点。
1999年10月1日，在基辅内务部长理事会会议上，执法机构负责人向独联体成员国国家元首和政府首脑发表讲话，他们指出：“... 恐怖主义、强盗、绑架、非法贩运武器弹药和其他严重罪行的增加对我们各国的安全造成严重破坏。今天，高加索和中亚地区的暴力正在升级，明天可能蔓延到其他地区。在这种情况下，有必要对国际恐怖主义，武装分裂主义和极端主义的其他表现形式给予适当反击，巩固我们各国的努力，首先是他们的执法机构。”
国家元首理事会的议程包括需要建立一个机构来协调安全机构，特别服务和执法机构在反恐和反极端主义反极端主义方面的活动。
2000年1月25日在莫斯科举行的独联体国家元首理事会上成员国参照欧安组织伊斯坦布尔首脑会议的成果就打击国际恐怖主义交换了意见。
这次会议的决定是指示独联体国家的安全理事会，与安全机构和特别服务负责人理事会，内务部长理事会和独联体成员国国防部长理事会一起，制定一个打击国际恐怖主义和极端主义的方案，建立一个统一的反恐中心。
2000年6月21日，根据在莫斯科举行的独联体国家元首理事会的决定，成立了独联体成员国反恐中心，并批准有关该中心的条例。
根据独联体国家元首理事会2002年10月7日的决定，在独联体反恐中心下设立了中亚地区分支机构，驻地为吉尔吉斯共和国的比什凯克。
独立国家联合体反恐怖主义中心
